Per la storia successiva del sito è opportuno, a questo punto, fare riferimento all’opera degli storici che a partire dal Rinascimento hanno narrato le vicende belliche che si sono svolte attorno alla Verruca. Risultano molto preziosi tre scrittori cinquecenteschi, P. Giovio, S. Ammirato e L. Sfrenati che nelle loro opere raccontano della Verruca, che per forza di cose fu protagonista di scontri ed assedi. Si viene così a sapere che la prima volta che cadde in mano fiorentina fu nel 1404, a seguito di un tradimento del signore di Pisa Gabriello M. Visconti che la vendette ai nemici.
Fu riconquistata nel 1431 da Niccolò Piccinino, capitano al soldo dei visconti di Milano ‘il secondo giorno di primavera, Niccolò Piccinino comparve nel lucchese ed inoltrato nel pisano si impadronì di Asciano e di tutta la valle di Calci. Due giorni dopo ebbe la Verruca ” ; ma nel luglio dello stesso anno i fiorentini poterono riconquistare la Rocca e tenerla fino all’anno 1494 quando, grazie all’intervento di Carlo VIII i Pisani riacquistarono la libertà e rioccuparono tutte le fortezze, compresa la Verruca.
Nonostante i numerosi tentativi di riconquista da parte dei Fiorentini, tra i quali è da ricordare quello del 1498 capeggiato da Paolo Vitelli, la Verruca rimase presidio pisano sino al 1503 quando cadde sotto l’assalto delle truppe francesi guidate dal Capitano del Re di Francia Jacques de Silly, Balì di Caen (citato nelle fonti come Balì d’Occan).
I fiorentini, di nuovo in possesso della fortezza e consci della sua importanza, decisero di fortificarla ulteriormente ed incaricarono del progetto il più famoso ingegnere militare del tempo: Leonardo da Vinci.
Scrive infatti Pier Francesco Tosinghi, commissario del campo fiorentino presso Pisa “Lui stesso [Leonardo] e compagnia arrivò qui e gli mostrammo tutto e noi pensiamo che egli ami molto la Verruca essendo ben adatta al suo gusto… oltretutto disse che stava pensando di renderla inespugnabile, ma per ora era cosa da mettere da parte perchè il maggior bisogno è a Libafatta, la quale non è una piccola impresa da essere sottovalutata. Questa(la Verruca)dovrebbe essere riparata per fornire sufficente protezione e poi essere munita per il perfezionamento richiesto”. Leonardo tornò alla Verruca nel mese di luglio del 1503, periodo in cui stava elaborando i suoi progetti per la deviazione dell’Arno e sicuramente scelse come punto di osservazione, del corso del fiume, questo luogo. E” riferibile a questo periodo tutta la serie di vedute dei Monti Pisani e della piana di Pisa contenute nel codice di Madrid II.
Che la Verruca fosse importante lo si deduce anche da una lettera scritta da Niccolò Machiavelli “…pensiamo che subito voi harete già pensato di andare avanti et levarvi dianzi ali ochi la Verrucola, la quale ci è sempre stata una continua molestia et uno impedimento ad codesti nostri luoghi all’intorno, et adiuto non picciolo alli inimici “.
Dello stesso parere il Guicciardini quando scrive “è il sito della Verrucola, piccola fortezza fabbricata sopra un alto monte di molta importanza, perchè vicina a Pisa 5 miglia, non solo è opportuna ad infestare il paese circostante insino sulle porte di quella città, ma ancora a scoprire tutte le cavalcate e genti che n’escono.”
Il 17 maggio 1504 si comunica a Firenze che Antonio da Sangallo di ritorno da Ripafratta “farà la via della Verruca per vedere se vi manca nulla “ fra luglio ed agosto dello stesso anno vennero inviati alla Verruca, sicuramente per decisione del Sangallo, trenta scarpellini per completare al più presto i lavori cominciati.
Oggi ad un attento esame delle strutture superstiti, si può rintracciare questo intervento nel cordone a gocciolatoio che corre lungo l’intero perimetro della fortezza, segno di un intervento curato secondo le tecniche più aggiornate, pur nei limiti di un operazione di modeste dimensioni.